Naast microscopen en petrischalen zijn computers een belangrijk hulpmiddel voor microbiologen. Software voor microbiologisch onderzoek omvat tools die worden gebruikt door andere wetenschappelijke en technische disciplines, evenals gespecialiseerde toepassingen voor de studie van bacteriën en andere micro-organismen. Veel applicaties die zijn ontwikkeld door overheidsinstanties, non-profitstichtingen of academische onderzoekers zijn beschikbaar als gratis software om te downloaden en te gebruiken als uw experiment of laboratorium dit vereist.
Visualisatietools
Een fysiek of mentaal beeld van de ruwe gegevens die u verzamelt, kan u helpen de kwaliteit, het belang en de implicaties ervan beter te begrijpen. Open source en commerciële datavisualisatiesoftware is algemeen beschikbaar voor microbiologisch onderzoek. Maak grafieken en grafieken van uw gegevens met behulp van LibreOffice Calc, Microsoft Excel of het Mondriaan datavisualisatiesysteem. Cell-O- en RasMol-toepassingen helpen u bij het maken van 2D- en 3D-geanimeerde modellen van biologisch belangrijke moleculen zoals eiwitten en aminozuren.
Wiskundige modellering
Grote verzamelingen microbiologische gegevens leveren vaak meer zinvolle informatie op als ze eenmaal numeriek zijn geanalyseerd. MATLAB, Octave en SciPy softwarepakketten die wiskundige verfijning, analyse en modellering van de gegevens van wetenschappers uitvoeren. Gebruik deze pakketten om parameterschattingen uit te voeren door middel van curve-aanpassing, epidemiologische voorspellingen, bacteriële groeisimulaties en gegevensruis of eliminatie van stochastische effecten. Deze toepassingen voeren ook statistische berekeningen uit, zoals variantieanalyse of Chi-kwadraattoetsen.
Genoom Bio-informatica
Microbiologische softwaretoepassingen helpen u ook om informatie te visualiseren en te ontginnen uit de sequentie van nucleïnezuren die het DNA van een micro-organisme vormen. De Open Bioinformatics Foundation biedt gratis, open-source DNA-sequencing- en analysetoepassingen zoals BioJava en Biopython die gegevens extraheren uit genoominformatiebanken, de DNA-code van een organisme ontleden en deze vergelijken met andere DNA-monsters. Aanvullende pakketten voor genoomanalyse zijn Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package of PHYLIP en de Sequence Manipulation Suite of SMS.
Referentiesoftware
Het snelle tempo van wetenschappelijke ontdekkingen in de microbiologie en de veranderende overheidsregelgeving maken het van essentieel belang dat microbiologen direct toegang hebben tot de informatie die van invloed is op hun werk. HUGO is een commercieel softwarepakket dat microbiologen voorziet van actuele informatie over gereedschappen, chemicaliën, apparatuur, kweekmedia, veiligheidseisen, nieuwe organismen, taxonomische veranderingen en antibiotica. Bovendien kunnen microbiologen die werkzaam zijn in de voedingswetenschap de ComBase Browser-webtoepassing gebruiken om toegang te krijgen tot voedselgerelateerde microbiologische gegevens die worden verstrekt door overheidsinstanties in het Verenigd Koninkrijk, Australië en de Verenigde Staten.
